Preguntas Frecuentes

Para reservar, es necesario que primero se encuentre registrado en nuestra base de datos, para ello debe contactarse con la unidad de microscopía respectiva (UMA-BIO o UMA-MED).

Si, el cobro del uso de los equipos es necesario para financiar mantenciones, reparaciones, reemplazo de lámparas, upgrades e incluso la compra de nuevo equipamiento.

Junto con lo anterior, el cobro por el uso de los equipos permite concientizar a los usuarios del cuidado que requieren estos sistemas, así como expandir el uso de los equipos a usuarios externos a la universidad.

Los valores de cobro de nuestros equipos se encuentran elaborados en base a las siguientes variables:

  • Valor inicial del equipo
  • Valor de mantención anual del equipo y anexos
  • Valor de consumibles (lámparas, aceite de inmersión, papel)
  • Gastos en infraestructura
  • Gastos en asistencia técnica y personal

Te debes contactar con la unidad de microscopía respectiva a tu equipo o servicio de interés (UMA-BIO o UMA-MED).

Contamos con tarifas especificas para usuarios miembros de la comunidad UC, usuarios externos de otras Universidades y usuarios que trabajan para empresas y otras instituciones con fines de lucro.

Si! Estamos para ayudarte. Envíanos un mail en el apartado de contacto con algunos detalles de tu experimento y tus consultas. Usualmente respondemos en uno o dos días, y luego podemos coordinar una visita para que hagas una prueba sin costo del equipamiento acuerdo a la propuesta.

 

Se debe incluir la siguiente información, que puede ser encontrada en las especificaciones técnicas de nuestros equipos:

  • Modelo y marca del microscopio
  • Información del lente objetivo utilizado: Magnificación, apertura numérica (NA) y corrección (ej. 60x 1.4 NA Plan-Apochromat)
  • Información del filtro de fluorescencia: marca y ancho de banda (ej. 490/30)
  • Fuente de luz (Mercurio, tungsteno, o laser) incluir longitud de onda
  • Marca y modelo de la cámara
  • Software de adquisición, nombre y versión.
  • Configuración de adquisición: tiempos de exposición, gain y binning. Tambien valor Z en stacks (corte óptico), tiempo entre imágenes en timelapse.

Tambien es recomendable incluir:

  • Marca y modelo de hardware como ruedas de filtros, platinas motorizadas, shutters, etc.
  • Descripcion del protocolo de procesamiento de imágenes utilizada para generar las figuras de la publicación.
  • Descripcion del protocolo de cuantificación y análisis de imágenes y un método de validación.

[Extracto de Waters, J. C. (2009). Accuracy and precision in quantitative fluorescence microscopy. The Journal of cell biology.]

Recuerde: “La mejor imagen es la que necesita un minimo procesamiento”.

A continuación se detalla una breve guía ética para el uso y manipulación apropiado de imágenes científicas digitales:

  • Las imágenes digitales científicas son datos y se deben tratar como tales, pudiéndose ver comprometidas por manipulaciones inapropiadas.
  • La manipulación de imágenes digitales debe ser realizada solo en copias de los originales (Siempre guarde los datos originales a salvo y sin cambios!)
  • Ajustes sencillos de brillo y contraste son aceptables si se aplica a toda la imagen.
  • Recortar las imágenes es usualmente aceptable si no hay perdida de información.
  • Imágenes digitales que serán comparadas entre si deben ser adquiridas bajo las mismas condiciones, y cualquier procesamiento post-adquisicion debe ser aplicado a ambas por igual.
  • Manipulaciones especificas en ciertas áreas de una imagen, no aplicadas a la imagen completa, son cuestionables.
  • El uso de filtros de software (Photoshop) para mejorar las imágenes no es recomendado.
  • Clonar o copiar objetos en una imagen digital, ya sea de la misma imagen o de otra, es muy cuestionable.
  • Mediciones de intensidad deben ser realizadas en imágenes que han sido procesadas uniformemente, y los datos deben ser calibrados de acuerdo a un standard conocido.
  • Evite el uso de imágenes comprimidas, prefiera el formato original o TIFF.
  • Tenga cuidado cuando cambie el tamaño de una imagen digital (en pixels), esto afecta su resolución.

Finalmente, recuerde que las importancia de las imágenes científicas radica en los datos que contienen, y no en su efecto estético.

[Extracto de Cromey, D. W. (2010). Avoiding twisted pixels: ethical guidelines for the appropriate use and manipulation of scientific digital images. Science and engineering ethics.]

 

En la adquisición de imagenes de fluorescencia, el tiempo de exposición (Exposure en ingles), es el tiempo que la camara estará expuesta a la luz emitida por la muestra. A mayor tiempo de exposición, más fotones llegarán a la cámara, lo que resultará en una imagen más brillante.

Una vez establecido el tiempo de exposición para un set de muestras a comparar, este valor no debe ser cambiado (a menos que se tomen todas las imágenes nuevamente con el nuevo valor).

El tiempo de exposición se determina usando la muestra con la mayor señal esperada (la más brillante). Una vez seleccionada esta muestra, se selecciona el tiempo de exposición mas largo que permita utilizar todo el rango dinámico de la cámara, pero sin saturar los pixeles.

Recuerde que tiempos de exposición excesivamente largos pueden dañar su muestra y blanquear la señal fluorescente (photobleaching).

[Extracto de Exposure times by Thermo Fisher Scientific (2015), articulo disponible en www.thermofisher.com]

La exposición, ganancia (gain) y offset determinan la intensidad de señal y el nivel de ruido de una imagen digital, y son los parámetros de configuración esenciales al momento de adquirir imágenes en microscopía de fluorescencia.

El tiempo de exposición (Exposure en ingles), es el tiempo que la cámara estará expuesta a la luz emitida por la muestra. A mayor tiempo de exposición, más fotones llegarán a la cámara, lo que resultará en una imagen más brillante. Si la señal fluorescente es lo suficientemente brillante y la muestra tiene baja señal de background, se adquirirán imágenes con buen contraste.

La ganancia (Gain en ingles) amplifica digitalmente la señal recibida por la cámara, por lo tanto aumenta tanto la señal como el ruido percibido. Cuanto menor sea la ganancia aplicada, mejor será la relación señal/ruido de nuestras imágenes.

El offset determina el valor de señal minimo detectado por la cámara, es decir, los valores bajo el offset son considerados como pixeles negros (con intensidad cero). Mientras mayor sea el valor de offset, mas señal será “cortada”.

El histograma es una representación grafica del uso del rango dinamico de la cámara, esto es, del rango de niveles de brillo que puede captar la cámara. Lo ideal al adquirir una imagen digital es utilizar todo el rango dinamico de la cámara, representado por un histograma que se distribuya uniformemente desde el minimo hasta máximo valor.

Los parámetros de exposición, ganancia y offset deben ser configurados de una forma tal que no se pierda señal por pixeles saturados, o por quedar bajo el valor de offset. A la vez, esta configuración debe utilizar todo el rango dinámico disponible de la cámara.

Es importante que todas las imágenes de un set de muestras sean adquiridas con los mismo parámetros, sobre todo si serán utilizadas posteriormente para comparaciones cualitativas o análisis cuantitativos.